Действия происходят через 12 тысяч лет после событий первой оригинального «Аквариона». Новые пилоты, новый Акварион, да и сама история полноценна и может рассматриваться самостоятельно.
Мир Акварии не такой, как наш. Враг вновь то и дело появляется из другого измерения, нанося урон и похищая людей. Амата Сора — обычный паренек с необычными качествами, которые с самого детства приносят ему одни проблемы, и мысленно он уже давно нарек себя бесполезным неудачником. С малых лет легенда об Акварионе заставляет его сердце биться чаще, но увы, это уже давно никого не интересует. Амата потерял почти всякую надежду что-либо изменить. Хотя совсем скоро это может ему пригодиться, и даже помочь спасти жизнь... и не только свою.