Однажды, когда все враги Земли были повержены, капитан Харлок оставил свою команду, отправившись бороздить просторы космоса в одиночестве. Но мир и спокойствие не продлились долго. Харлок встречает нового по-настоящему ужасного врага, с которым не сможет справиться в одиночку.
На одной из археологических миссий профессор Дайба невольно пробуждает злую расу, называемую «ну», которая силой страха правила Вселенной ещё до рождения человечества. Спустя пять лет после миссии древнее зло набрало былую силу и, желая обратить мир в первоначальный хаос, начало претворять свой коварный план в жизнь.
Космический пират капитан Харлок вновь собирает свою команду! Вместе с былыми товарищами: Кэй Юки, доктором Зеро и первым помощником Яттараном, а также присоединившемуся к команде «Аркадии» сыном профессора, Тадаси Дайбой, Харлок отправляется в бой с таинственным врагом, чтобы в очередной раз защитить Землю.