Третий фильм тетралогии. В отличие от первых двух фильмов, не является пересказом событий сериала.
После того, как
Мадока перестроила Вселенную,
Хомура живёт в мире, где ведьмы больше не рождаются. Но отчаяние людей всё ещё проявляется в существах, известных как призраки, с которыми и сражаются девочки-волшебницы.
Хомура продолжает бороться со своим одиночеством после расставания с
Мадокой. В фильме также появляется новая волшебница по имени
Нагиса Момоэ.