События происходят через некоторое время после окончания первого сезона.

Пока Ёко занимается подводными исследованиями около Мадагаскара, Мадока, более не способная запустить «глаз ауры», отправляется в Камогаву. Дома она обнаруживает письма от Лан и Мугинами, в которых они пишут о своей текущей жизни и поздравляют её с Новым Годом. Спустя месяцы заканчивается и очередной учебный год. Мадока переходит в следующий класс, и её день рождения уже не за горами. В это же время её лучшие подруги прилетают посмотреть на копию Камогавы, в межгалактический туристический центр на планете Полигидрон.