Действие фильма Кланнад происходит в старшей школе, расположенной на холме в небольшом японском городке.
Окадзаки Томоя является учеником третьего класса, но не принимает учёбу всерьез. Он всегда опаздывает на занятия и выглядит хулиганом в глазах своих одноклассников, которые заняты подготовкой к экзаменам. Излишне говорить, что он имеет не слишком много друзей. Самый близкий друг - такой же раздолбай Ёхэй Сунохара. Томоя, кажется, и не возражал против такого положения вещей - пока в один прекрасный день не повстречал Нагису Фурукава. Она осталась совсем одна, без друзей в этой школе, потому что все её бывшие одноклассники её уже закончили. Об этой неуклюжей девушке он не особо беспокоился. Но он не может оставить ее, и начинает помогать. В процессе он встречает еще несколько девушек из своей школы.
Хотя поначалу он не слишком заботится о них, но вскоре открывает свое сердце.