Археологам довелось обнаружить ранее неизведанную гробницу одного из египетских богов, Анубиса, который после этого воскрес из многовекового сна, чтобы одолеть Фараона.
Тем временем закончился Баттл-Сити — турнир, устроенный Сэто Кайбой, чтобы заполучить карты трёх всесильных богов, и теперь Юги, одержавший победу в турнире, стал известен во всём мире. Также Сэто узнаёт, что у Пегаса есть карта, способная одолеть трёх богов и немедленно отправляется в Королевство дуэлянтов, чтобы забрать карту. Однако эта карта приносит лишь беды, поскольку является воплощением тьмы, созданным Анубисом.