2062 год. В мире идет война. Две сверхдержавы ведут кровопролитные сражения за контроль над космическим лифтом. Одна из сторон решает воспользоваться пространственно-временной вибрирующей бомбой — самым разрушительным оружием созданным человеком — в надежде, что это положит конец войне.
Во время проведения операции, закончившейся провалом, Кэй Кацураги, один из пилотов, отправленных на это задание, решает разминировать бомбу, но терпит неудачу, в результате чего происходит взрыв, который приводит к колоссальным изменениям Земли. Оказавшийся в самом эпицентре взрыва, Кэй каким-то образом переносится на 20 лет в будущее новой Земли. Но и здесь, в будущем, как оказалось, не все так хорошо. Кэй, которого некоторые считают избранным, оказывается вовлечен в новый конфликт, итог которого может решить судьбу всего мира.