Далёкое будущее. Земля и бо́льшая часть человечества порабощены воинственной империей Иллюмидус. Харлок — капитан «Призрачной смерти», космического крейсера, перевозящего беженцев, один из немногих оставшихся противников тирании инопланетных захватчиков — тоже терпит поражение. Подвергшись атаке оккупационных сил Иллюмидуса, он вынужден совершить посадку на одной из захваченных врагами баз Земли.
На захваченной Иллюмидусом базе Харлок встречает Тотиро Ояму, который показывает ему великолепный линкор, созданный им по потерянным технологиям своих предков, и называет его «Аркадия», в честь родины клана благородных пиратов-рыцарей Харлоков.
Космический капитан Харлок, последний потомок из клана пиратов-рыцарей, начинает свой путь, чтобы освободить Землю и всё человечество.