Злобный Мегатрон привёл свои войска Десилицинов на Землю, где они намерены разграбить планету, добывая её колоссальные энергетические ресурсы, чтобы питать ими войну против автоботов. В случае успеха Десилицины смогут наконец переломить ход войны в свою пользу, уничтожить автоботов и приступить к завоеванию Вселенной. С этой целью Десилицины похищают учёного — доктора Юки Ониши, ведущего специалиста Земли в области энергетики и природных ресурсов.

С сыном доктора Ониши, Кодзи, связывается не кто иной, как Оптимус Прайм, который берёт мальчика с собой в миссию по спасению его отца. Хотя Оптимус Прайм и остальные автоботы сражаются доблестно, им не удаётся вырвать доктора из лап Десилицинов. Теперь именно автоботам и Кодзи предстоит спасти доктора Ониши и защитить Землю и её ресурсы от Мегатрона и его армии.