После событий второго сезона жизнь наконец-то начинает входить в привычное русло. Но спокойствие длится недолго — на компьютерных системах по всей Японии начинает появляться странно знакомая иконка. И не только на компьютерах... телевизоры, мобильные телефоны, игровые приставки — да что угодно с экраном и выходом в сеть. И похоже, эта иконка кого-то ищет... Ягами Таити Ягами и Исиду Ямато Исида, которые несколько лет назад уже одержали над ней победу. Да, оказывается, этот цифровой медузообразный монстр — не кто иной, как Диабломон, Дигимон-вирус, побеждённый во втором фильме. Но на этот раз он научился обретать физическую форму и посылает в реальный мир тысячи своих копий.

Коуширо и Кэн Итидзёдзи разрабатывают план, чтобы раз и навсегда избавить мир от этого вируса, но для этого потребуется помощь всех Избранных — и нынешних, и прошлых. И снова начинается гонка со временем, чтобы остановить козни Диабломона... но даже эта миссия окутана тайной.

Хватит ли возрождения Омегамона, чтобы остановить Диабломона во второй раз, или миллионы копий дадут ему достаточно сил, чтобы стряхнуть с себя натиск «Цифрового чемпиона справедливости»? Конечно, Диабломон ещё не встречался с новым поколением Избранных и их новыми техниками. Это бой не на жизнь, а на смерть, и на кону — судьба самого Токио.