Во время холодной войны Морские силы самообороны Японии совместно с ВМС Соединенных Штатов Америки в режиме строжайшей секретности и военной тайны разработали атомную подводную лодку «Sea Bat», аналогов которой в мире не существовало. Официально АПЛ входила в состав 7-го флота США, однако экипаж лодки состоял сплошь из японцев, да и капитаном был выбран Сиро Кайэда — опытный и заслуживающий доверия офицер.

Тем не менее, отправившись в свой первый рейс, капитан «Sea Bat» провозглашает подводную лодку независимым государством, «Ямато», и намекает об имеющемся у неё на борту ядерном оружии. И теперь за Кайэдой и «Ямато» начинается самая настоящая охота, тогда как на кону стоят будущее японского правительства и возможность дискредитации репутации США.