2201 год. Битва с императором Зордаром и Империей Кометы окончена. Ямато возвращается на Землю для ремонта. Кодаю и его команде нужно отдать последние почести павшим товарищам и набрать новых членов экипажа. Немало же предстоит Кодаю и его друзьям повозиться с новичками, прежде чем те будут готовы к битвам. Однако отдых продлится недолго. Ямато вновь отправляется в поход.
Вернувшись с остатками своего флота к родной планете Гамилус, Деслер обнаружил на ней захватчиков. Империя Тёмной Туманности хочет присоединить Гамилус и Искандар к свои владениям, ведь их недра богаты ценными минералами. Кодай и Деслер, в прошлом заклятый враг Ямато, теперь должны объединиться, чтобы противостоять новой угрозе.