Третьеклассница Химэно переезжает в огромный особняк в провинции. Вскоре она обнаруживает, что это дом ниндзя! Ниндзя Акамаки (aka — красный), Аомаки и Кииромаки (ki iro — жёлтый) принимают Химэно за принцессу и помогают ей решать проблемы при помощи своих уникальных способностей. Но это лишь малая часть их возможностей!
Когда Аомаки и Кииромаки объединяются, они образуют Мидоримаки (midori — зелёный). Схожим образом при объединении Акамаки и Аомаки образуется Мурасакимаки (фиолетовый), а когда объединяются Акамаки и Кииромаки, образуется Дайдаймаки (оранжевый). Жизнь с этими разноцветными ниндзя только начинается, когда они узнают, что сильный ураган направляется в сторону особняка. Что произойдет с семьей Химэно? Смогут ли разноцветные ниндзя защитить девочку?