В 2066 году Республика Хонтворл, один из членов-основателей ООН, покидает организацию, не объясняя своих мотивов. Это вызывает настоящий скандал в стенах ООН и ставит под угрозу безопасность всего мира. Вскоре после этого инцидента столица Республики Триад, Мьори, подвергается атаке летающей крепости, напоминающей птицу, известной как Король-Черепаха.

Международная научная организация под руководством доктора Кодзабуро Намбу Нанбу получает задание разобраться с этим таинственным противником. В то же время ведущие учёные ISO начинают пропадать один за другим. Пятеро членов Научного отряда ниндзя — воинов Гатчамен — призваны докопаться до истины.

Прошли годы с тех пор, как команда в последний раз сражалась с Берг Катце и его пресловутой организацией Галактор. Сможет ли Кэн Васио, известный также как Орёл, снова привести свою команду к победе над этой высшей силой зла?