Около тысячи лет тому назад Земля была разрушена. Однако некий выдающийся человек, известный как Y, смог восстановить планету. Он переделал её в огромный механизм, состоящий из великого множества шестерёнок, за что последний и получил своё название — «механическая планета». На поверхности этих шестерён строились различные города. Но с того момента, как Землю перестроили, все технологии, которые вырабатывали электромагнетизм, поставили под запрет из-за того, что они мешали нормальной работе шестерней.
Наото Миура — обычный школьник, увлекающийся механизмами. Однажды на его дом падает древний андроид по имени Рюдзу, разработанный тем самым гениальным человеком Y. Наото удаётся отремонтировать Рюдзу и вновь запустить её, после чего она признаёт в нём своего нового хозяина. Позже выясняется, что Наото может определять малейшие неисправности в механизмах, полагаясь лишь на свой слух, и делает он это во много раз лучше профессионалов.
Чем же закончится эта механическая история?