Хаято Хаясуги и другие дети станут проводниками, управляющими Синкалионами. Роботы Синкалион — это трансформирующиеся модели настоящих японских скоростных поездов (синкансэнов), которые превращаются в боевых роботов, чтобы сразиться с неведомым злом и защитить мир и безопасность Японии.
Детям предстоит объединить усилия со взрослыми сотрудниками Института сверхэволюции синкансэнов (SUEI), чтобы одолеть монстра, похожего на угольно-чёрный скоростной поезд.