Сюжет охватывает две временные ветки: одна рассказывает об инциденте в городке Нибельхайм с участием
Зака,
Клауда,
Тифы и
Сефирота; другая хронологически происходит после первой и рассказывает о побеге
Зака и
Клауда из научной лаборатории мегакорпорации «Shinra Inc.».