2029 год. Стремительное развитие кибернетических технологий навсегда изменило облик человечества. Биологические тела всё чаще уступают место искусственным оболочкам, а кибермозг, подключённый к глобальной сети, открывает безграничные возможности для обмена информацией. Однако технологический прогресс принёс не только новые достижения, но и невиданные прежде угрозы: кибертерроризм, взлом сознания, подмена личности и кража воспоминаний стали суровой реальностью.
Для борьбы с преступлениями нового поколения правительство Японии сформировало Девятый отдел общественной безопасности — секретное спецподразделение, которым руководит опытный стратег Дайсукэ Арамаки. Непосредственное командование оперативной группой осуществляет майор Мотоко Кусанаги — выдающийся киборг, чьи навыки не раз помогали предотвращать самые опасные угрозы. Вместе с другими сотрудниками отдела ей предстоит расследовать серию таинственных инцидентов, распутать паутину политических интриг и заговоров, угрожающих национальной безопасности, а также выйти на след загадочного хакера, известного как Кукловод.