Мир был восстановлен на Земле... но ненадолго. Спустя два коротких года Сосай Икс объявляет о своем возвращении, врезавшись в круизный лайнер "Куин Маргарет" и потопив его; похищает одну из выживших - четырехлетнюю девочку по имени Сэмми Доктор Пандора и насильно превращает ее в Джельсадору, следующего генерала Галлактора. Синдикат восстанавливает свои силы и начинает захватывать военных и научных экспертов, не оставляя ИСО иного выхода, кроме как возродить свою собственную первую линию обороны: Кагаку Ниндзятай.

Но теперь, когда Кондор Дзе пропал без вести и считается погибшим, все не совсем так, как раньше, и даже с новым оружием и транспортными средствами команда в растерянности. Доктор Кодзабуро Намбу усугубляет проблему, привлекая нового G-2, Гетца Ястреб.