Когда Дзё Симамура попадает в серьёзную автокатастрофу, странные люди быстро загружают его тело в поддельную скорую помощь. Его доставляют в штаб-квартиру организации «Чёрный Призрак», которая разжигает человеческие конфликты, наживаясь на войнах. Именно здесь Дзё возрождается как могущественный Киборг 009.

Не желая служить орудиями разрушения, 009 и другие киборги поднимают бунт и совершают побег, чтобы жить в мире и спокойствии. Однако «Чёрный Призрак» не намерен так просто отпускать киборгов, которых они видели своим сверхоружием, без боя.