После событий дела «Потерянная Лоджия» Наноха терпеливо ожидает того дня, когда сможет воссоединиться со своей новой подругой Фейт. Несмотря на то, что она исключительно могущественный маг, Наноха проводит деньки самым обычным образом — со своими друзьями на Земле. Но мир вновь неожиданно пошатнулся, когда Наноха без какого бы то ни было предупреждения была атакована сильным магом. Группа жестоких магов нападает при помощи магии на всё подряд во имя целей, ведомых им одним. Наноха и Фейт, вместе со своими друзьями — Юно, Арф, Хроно и «Бюро пространства-времени» — снова должны объединиться в своей борьбе против магов-отступников, помешав им навредить чему-нибудь или кому-нибудь.

События являются продолжением первого сезона «Лиричная волшебница Наноха».