Кён — обыкновенный японский школьник, уже давно не верящий ни во что, выходящее за рамки привычного. Однако, познакомившись с одноклассницей Судзумией Харухи, тот вскоре узнаёт, что существуют и пришельцы из будущего, и инопланетяне, и даже экстрасенсы — все они среди нас, да к тому же маскируются под рядовых школьников!
А началось всё с недовольства Харухи отсутствием в школе интересных клубов. Но ведь нет ничего проще, считает Кён, если нет нужного — сделай сам, о чём и заявляет Харухи. Как оказалось, зря. Отныне в школе появляется Бригада SOS — клуб по поиску и изучению паранормального!
Первым членом, помимо Харухи, становится, конечно же, Кён, на тот момент мечтающий уже только об одном — чтобы взбалмошная девчонка оставила его в покое. Размещаться SOS будут в комнате литературного кружка, там всё равно сидит лишь Юки Нагато, по совместительству инопланетянка. Но трое — слишком мало, надо найти ещё кого-нибудь, например... вот эту милую второклассницу с потрясающей... гм... не важно. Четвёртым членом, пусть и не по своей воле, становится Микуру Асахина, путешественница во времени. Для полного комплекта не хватает лишь таинственного незнакомца, возникшего из ниоткуда и преследующего свои тайные цели. Лёгок на помине! Вскоре в школу переводится Ицки Коидзуми, он же — экстрасенс.
Теперь все в сборе, пора начинать поиски неведомого!