Действия разворачиваются в 2027 году, через год после окончания неядерной войны. Нью-Порт Сити продолжает восстанавливаться после войны, когда внезапно подвергается бомбардировке самоходными минами. Тогда же оказывается, что военный чиновник, замешанный в деле со взятками и продажей оружия, был застрелен.
Во время расследования глава отдела публичной безопасности, Дайсукэ Арамаки, сталкивается с Мотоко Кусанаги, назначенной в 501-ый секретный отдел. Бато подозревает, что в недавних событиях замешана Кусанаги, которая не пострадала при бомбардировке. Детектив полиции префектуры Ниихамы Тогуса расследует два дела об убийстве. Мотоко же находится под постоянным наблюдением главы 501-го секретного отдела, Куруцу, и агентов-киборгов.