Мотоко Кусанаги и Бато пытаются остановить террористическую организацию, символ которой — это древнегреческое чудовище Сцилла. Параллельно с этим Тогуса расследует дело об убийстве человека, который носил протез, изготовленный корпорацией «Нога Русалки». Есть ли связь между этими происшествиями — остаётся тайной.