Избранные дети в шоке от предательства Мэйкумон — цифрового монстра, который совсем недавно присоединился к их группе вместе со своим человеческим партнёром, Мэйко Мотидзуки. Косиро Идзуми полон решимости выяснить природу заражения, взявшего под контроль Мэйкумон. Тем временем Такэру Такаиси с ужасом замечает, что его партнёр Патамон начинает проявлять тревожные симптомы, похожие на те, что были у других заражённых цифровых монстров, включая Мэйкумон.

Именно в этот момент Избранные дети получают послание от таинственной сущности по имени Гомеостаз, которая сообщает им, что их миру грозит полное уничтожение — как и Цифровому миру, родине цифровых монстров. Гомеостаз намерен осуществить «Перезагрузку», которая обнулит все данные, составляющие Цифровой мир, и уничтожит заражение. Однако вместе с этим Перезагрузка сотрёт память всех цифровых монстров, включая партнёров детей. Смогут ли Избранные дети остановить Мэйкумон прежде, чем Перезагрузка станет неизбежной, или же это конец их пути вместе с цифровыми монстрами?