К ужасу Мэйко Мотидзуки, её напарник-диджимон Мэйкумон вынужденно эволюционирует в Мэйкракмон и в процессе этого попадает под власть тёмных сил. Пока Мэйкракмон бесследно исчезает, чтобы сеять хаос где-то ещё, сам Цифровой мир, похоже, начинает отвергать присутствие Мэйко и остальных Избранных детей. Уклоняясь от множества врагов, идущих по их следу, группа пытается найти путь домой.

Тем временем в мире людей посланник таинственной сущности по имени Гомеостазис навещает отца Мэйко и Дайго Нисидзима Нисидзиму из Государственного административного агентства, чтобы поговорить о происхождении Мэйкумон. Посланник сообщает им, что Гомеостазис намерен уничтожить это цифровое существо — и таким образом предотвратить появление новых диджимонов в мире людей, независимо от того, что думают по этому поводу Избранные дети.